La fel ca orice alt tratament, terapia canalului radicular nu este lipsită de neprevăzut și de posibilitatea complicațiilor.

Se poate ca obturația să nu se poată face perfect din cauza formei rădăcinii sau ca medicul stomatolog să nu observe o rădăcină ascunsă sau un canal în plus, unde ar putea fi nevoie de tratament.

În cazul în care pacientul se confruntă cu un tratament endodontic eșuat, se recomandă intervenția de dezobturare a canalelor radiculare.